ФАНЦА осуществляет свою деятельность в тесном контакте с министерствами сельского хозяйства Алтайского края и Республики Алтай, региональными управлениями ветеринарии и Россельхознадзором. В рамках Программы фундаментальных научных исследований государственных академий наук на 2013-2020 годы ученые центра проводят совместные исследования с профильными научными учреждениями, вузами, учреждениями других министерств и ведомств. Помимо межрегионального сотрудничества, ФАНЦА тесно сотрудничает с 23 НИИ и фирмами СНГ и зарубежных стран, в том числе из Казахстана, Беларуси, Мексики, Германии, Канады, Франции, Китая, Дании, Италии и др.
Среди примеров эффективного взаимодействия — обмен селекционным и коллекционным материалом с Международным центром сельскохозяйственных исследований в засушливых районах (ИКАРД, Сирия). В рамках программы Казахстанско-Сибирской сети (КАСИБ) по улучшению пшеницы под эгидой СYMMIT (Мексика) заключен трехсторонний договор об экологическом испытании сортов и перспективных линий селекции России и Казахстана. В КАСИБе участвуют 10 институтов РК и 8 институтов РФ. В рамках договоров и соглашений проводятся совместные научные исследования. Особенность сотрудничества заключается в том, что отдел Алтайский НИИСХ передает коллегам свои селекционные наработки и получает эквивалентную информацию взамен.
Регулярно научные институты обмениваются генетическим материалом. К примеру, в апреле 2017 года отдел НИИСС посетила делегация из г. Алматы с целью приобретения посадочного материала новых сортов плодовых и ягодных культур селекции отдела НИИСС. Заключены научные договоры о сотрудничестве (партнерстве) с Казахским гуманитарно-юридическим инновационным университетом (г. Семей) на 2015-2020 годы и с Павлодарским государственным университетом имени С. Торайгырова (г. Павлодар) на 2017-2022 годы. Предмет договора — долгосрочное сотрудничество в области внедрения оборудования и новых технологий для молочной промышленности, сотрудничество в области подготовки кадров для предприятий пищевой промышленности, разработки совместных научных проектов по технологиям молочных продуктов. За многолетнюю работу и успешно реализованные на практике научные и технические разработки по производству, переработке и хранению сельскохозяйственной продукции, рациональному использованию земель и природных ресурсов учреждение и его сотрудники неоднократно удостоены премии Алтайского края.
